The Cell

細胞の分子生物学 — 図で学ぶ

SVG と、Mol* による ChimeraX 級のタンパク質描画

Takeru Fukushima

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手描き SVG：細胞膜の脂質二重層

親水性の頭部（黄）と疎水性の尾部（灰）が向かい合う二重層。JSX なので map() で並べられる。

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PDB からタンパク質を描画

クランビン（1CRN, 46残基）を高品質カートゥーンで。

• ドラッグで回転、ホイールでズーム
• 二次構造（αヘリックス・βシート）を自動認識

::right::

Data: RCSB PDB 1CRN — rendered with Mol*

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多量体とリガンド

ヘモグロビン（4HHB）。4本のグロビン鎖を色分けし、ヘム（鉄ポルフィリン）を ball-and-stick で自動表示。

::right::

Data: RCSB PDB 4HHB — rendered with Mol*

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しくみ

<!-- _renderer.tsx: スライドページに CDN から読み込む -->
<link rel="stylesheet"
  href="https://cdn.jsdelivr.net/npm/molstar@5.11.0/build/viewer/molstar.css">
<script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/molstar@5.11.0/build/viewer/molstar.js"></script>

// slide.js: プレースホルダ div にビューワを初期化
molstar.Viewer.create(el, { layoutShowControls: false })
  .then((viewer) => viewer.loadPdb('1CRN')) // RCSB から直接取得

Mol* は RCSB 公式ビューワの中身。高品質カートゥーン・分子表面・環境遮蔽(SSAO) に対応。

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参考文献

本スライドは下記書籍を学習した個人ノートです。図版・本文の転載はせず、要約と自作図・公開データのみで構成しています。

• 書名: 細胞の分子生物学 原書第7版（Molecular Biology of the Cell, 7th ed.）
• 著者: B. Alberts, R. Heald, A. Johnson, D. Morgan, M. Raff, K. Roberts, P. Walter
• 監修: 中村桂子 ／ 監訳: 水島昇・塩見春彦・三浦正幸・中山啓子
• 出版社: メディカル・サイエンス・インターナショナル（2025年7月）
• ISBN: 978-4-8157-3131-1
• 出版社ページ: medsi.co.jp/products/detail/4021
• タンパク質構造: RCSB PDB (rcsb.org) — 各構造のIDを明記

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まとめ

• 図: Markdown 内にそのまま画像
• SVG: JSX で式展開しながら描ける（map() など）
• タンパク質: PDB を引用し、Mol* で ChimeraX 級に描画

次は章の内容を、この描画を使いながらまとめていく 🧬